Con el establecimiento de los Salesianos en Málaga en el año 1894 comenzó a difundirse la devoción a la Madre de Dios con el título de Auxiliadora.

El 3 de enero de 1897 se bendijo una hermosa imagen de la Virgen de Don Bosco en la Parroquia de Ntra. Sra. de la Merced. Esta imagen, venerada en el Colegio Salesiano de San Bartolomé, fue coronada canónicamente por el Sr. Obispo de Málaga. D. Juan Muñoz Herrera, el 30 de junio de 1907. Es la primera imagen de María Auxiliadora coronada de España y la tercera imagen mariana coronada, después de la virgen de los Reyes de Sevilla y de la Virgen de Montserrat. Lamentablemente fue destruida en 1936.

Desde hace más de un siglo miles de malagueños se han educado en el Colegio Salesiano cuya vida ha girado entorno a la venerada imagen que les recuerda la presencia de la persona viva de María en sus vidas.

El 7 de diciembre de 1972 fue inaugurado el hermoso y moderno templo actual, situado en la demarcación parroquial de La Pastora. Fue declarado Santuario de María Auxiliadora por el Obispo de la Diócesis. Mons. Buxarrais, con Decreto firmado y fechado el 11 de marzo de 1982.

Cabe destacar la existencia en el Santuario de la Asociación de María Auxiliadora con rango de Archicofradía. Fue erigida canónicamente y agregada a la asociación Primaria de Turín el 10 de abril de 1899 por el Primer Sucesor de Don Bosco, Beato Miguel Rúa, en su visita a Málaga en aquel entonces.